Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d'Impôt Innovation (CII) sont les deux dispositifs fiscaux les plus puissants à la disposition des entreprises françaises qui investissent dans la recherche et l'innovation. Pourtant, ils restent largement sous-utilisés par les PME, soit par méconnaissance, soit par crainte d'un contrôle fiscal. Ce guide vous aide à comprendre ce à quoi vous avez droit, comment le calculer et comment sécuriser votre dossier.
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Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR)
Principe général
Le CIR permet à toute entreprise réalisant des dépenses de recherche et développement de déduire une fraction de ces dépenses de son impôt sur les sociétés (ou sur le revenu). Si le crédit d'impôt dépasse l'impôt dû, l'excédent est remboursé — ce qui en fait un véritable subvention fiscale, pas uniquement une réduction d'impôt.
Taux : 30 % des dépenses éligibles jusqu'à 100 M€, puis 5 % au-delà.
Eligibilité : toutes les entreprises soumises à l'IS ou à l'IR, quelle que soit leur taille, leur secteur ou leur statut juridique. Pas de seuil minimal de dépenses de R&D.
Les activités éligibles
Le CIR couvre trois catégories d'activités de R&D, définies par la loi de finances et précisées par le manuel de Frascati (référentiel OCDE) :
La recherche fondamentale : travaux expérimentaux ou théoriques visant à acquérir de nouvelles connaissances sur les fondements de phénomènes ou faits observables, sans application ou utilisation particulière en vue.
La recherche appliquée : travaux originaux visant à acquérir de nouvelles connaissances, dans le but d'atteindre un objectif pratique déterminé. Elle est orientée vers un but ou un objectif pratique.
Le développement expérimental : travaux systématiques basés sur des connaissances existantes, visant à lancer la fabrication de nouveaux matériaux, produits ou dispositifs, ou à améliorer substantiellement ceux qui existent déjà. C'est la catégorie la plus fréquemment utilisée par les PME.
Critère déterminant : pour être éligible au CIR, le travail réalisé doit comporter une part d'incertitude scientifique ou technique — c'est-à-dire que le résultat ne peut pas être déterminé à l'avance par un professionnel compétent dans le domaine. Un travail de développement standard, même technique, n'est pas du développement expérimental au sens du CIR.
Les dépenses éligibles
Les dépenses de personnel représentent généralement la part la plus importante des dépenses éligibles. Sont inclus :
- Les salaires bruts et charges sociales patronales des chercheurs et techniciens de recherche affectés directement aux opérations de R&D
- Une majoration de 43 % des salaires et charges des personnels chercheurs pour les frais de fonctionnement (forfait calculé automatiquement)
- Les rémunérations des dirigeants qui consacrent une partie de leur temps à des activités de R&D (au prorata du temps passé)
Les dépenses de fonctionnement sont calculées forfaitairement à 43 % des dépenses de personnel éligibles (75 % pour les jeunes entreprises ayant moins de deux exercices clos).
Les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la réalisation d'opérations de R&D.
Les dépenses de sous-traitance auprès d'organismes agréés (organismes publics de recherche, universités, organismes de recherche privés agréés par le MESRI) : retenues pour leur montant réel dans la limite de 10 M€ (6 M€ si le sous-traitant a des liens avec le donneur d'ordre).
Les dépenses de veille technologique dans la limite de 60 000 € par an.
Les dépenses de protection de la propriété intellectuelle : frais de dépôt et de maintenance des brevets et certificats d'obtention végétale.
Le calcul du CIR : exemple simplifié
Une PME industrielle emploie 2 ingénieurs R&D à temps plein (salaires bruts chargés : 80 000 € chacun) et a engagé 30 000 € de sous-traitance auprès d'un laboratoire universitaire agréé.
| Dépenses éligibles | Montant |
|---|---|
| Salaires et charges R&D | 160 000 € |
| Frais de fonctionnement (43 % × 160 000 €) | 68 800 € |
| Sous-traitance agréée | 30 000 € |
| Total dépenses éligibles | 258 800 € |
| CIR (30 % × 258 800 €) | 77 640 € |
Ces 77 640 € viennent en déduction de l'IS dû. Si l'IS est inférieur à ce montant, l'excédent est remboursé (immédiatement pour les PME au sens européen).
Remboursement immédiat pour les PME
Les entreprises répondant à la définition PME européenne (moins de 250 salariés et CA inférieur à 50 M€ ou total bilan inférieur à 43 M€) peuvent demander le remboursement immédiat du CIR sans attendre 3 ans. Cette demande s'effectue lors du dépôt de la liasse fiscale via le formulaire 2069-A-SD.
Les JEI (Jeunes Entreprises Innovantes) et les entreprises en difficultés bénéficient également du remboursement immédiat.
Le Crédit d'Impôt Innovation (CII)
Principe et différence avec le CIR
Le CII est un dispositif complémentaire au CIR, réservé aux PME, qui couvre les dépenses d'innovation situées en aval du développement expérimental : la conception et la réalisation de prototypes ou d'installations pilotes de nouveaux produits.
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Un nouveau produit, au sens du CII, est un bien corporel ou incorporel qui n'est pas encore mis sur le marché et qui se distingue des produits existants par des performances supérieures sur le plan technique, éco-conception, ergonomie ou de ses fonctionnalités.
Taux : 20 % des dépenses éligibles (30 % pour les entreprises situées dans les DOM).
Plafond : 400 000 € de dépenses éligibles par an, soit un crédit d'impôt maximum de 80 000 €/an.
Ce qui distingue CIR et CII
| Critère | CIR | CII |
|---|---|---|
| Activité couverte | Recherche fondamentale, appliquée, développement expérimental | Conception de prototypes de nouveaux produits |
| Bénéficiaires | Toutes entreprises | PME uniquement |
| Taux | 30 % (jusqu'à 100 M€) | 20 % |
| Plafond de dépenses | 100 M€ | 400 000 € |
| Incertitude requise | Scientifique ou technique | Technique ou fonctionnelle |
Les deux dispositifs sont cumulables : une PME peut bénéficier du CIR sur ses dépenses de R&D en amont et du CII sur ses dépenses d'innovation en aval, sur la même année fiscale.
Construire et sécuriser son dossier
La documentation : la clé de la sécurisation
Le risque principal du CIR est le redressement fiscal lors d'un contrôle. Le fisc peut remettre en cause les dépenses déclarées si l'entreprise ne peut pas démontrer le caractère éligible de ses travaux. Une documentation rigoureuse est la meilleure protection.
Documents à constituer et conserver :
- Fiches de projets R&D : pour chaque projet, une description de l'état de l'art au démarrage, de l'incertitude scientifique ou technique identifiée, des travaux réalisés, des verrous levés et des résultats obtenus — rédigée par les chercheurs impliqués
- Relevés de temps : feuilles de temps signées par les collaborateurs, indiquant le temps passé sur chaque projet R&D par semaine ou par mois
- Factures et justificatifs de l'ensemble des dépenses déclarées
- Accords de sous-traitance et attestations d'agrément des sous-traitants
- Cahiers de laboratoire ou équivalents documentant la démarche expérimentale
Le rescrit fiscal CIR
Avant de déclarer des dépenses importantes, une entreprise peut solliciter un rescrit fiscal auprès de l'administration (via la DGFiP) pour obtenir une position officielle sur l'éligibilité de ses projets au CIR. Cette démarche sécurise les déclarations futures et rend le redressement impossible sur les projets validés.
Le rescrit peut également être demandé auprès de Bpifrance (pour la dimension technologique) ou du MESRI (pour la dimension scientifique).
Faire appel à un prestataire CIR
Des cabinets spécialisés proposent d'accompagner les entreprises dans la construction de leur dossier CIR — identification des projets éligibles, calcul des dépenses, rédaction des fiches projets, gestion du rescrit. Ils sont rémunérés soit à la mission (honoraires fixes), soit au succès (pourcentage du CIR obtenu).
Attention aux dérives : certains prestataires peu scrupuleux poussent à déclarer des projets dont l'éligibilité est douteuse. En cas de redressement, c'est l'entreprise qui supporte les pénalités — pas le prestataire. Privilégiez des cabinets réputés, avec des références vérifiables et une approche prudente et documentée.
Le calendrier de déclaration
Le CIR et le CII se déclarent via le formulaire 2069-A-SD, joint à la liasse fiscale de l'exercice concerné. Ce formulaire récapitule les dépenses éligibles par catégorie et calcule le montant du crédit d'impôt.
Le dépôt est effectué en même temps que la déclaration de résultat, soit dans les 3 mois suivant la clôture de l'exercice pour les sociétés (ou en mai-juin pour les entreprises à l'IR).
La demande de remboursement immédiat (pour les PME) est formulée simultanément, via le formulaire 2573-SD.
Pour approfondir le sujet, consultez le guide pratique du CIR publié par le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, ou sollicitez un conseil spécialisé pour évaluer le potentiel de votre entreprise. Consultez également notre page sur le statut JEI pour identifier les exonérations complémentaires auxquelles vous pouvez prétendre.
Disclaimer
Ces informations sont à titre indicatif. Consultez un expert-comptable, un avocat ou un conseiller juridique pour toute décision.